Binary Domain to gra akcji za stworzeniem, której stoi Toshihiro Nagoshi, kreator uznanej na całym świecie serii Yakuza. W jego nowej produkcji wejdziemy w świat ponurej przyszłości rodem z filmu "Matrix". Rok 2080, Tokyo, trwa konflikt maszyn i ludzi. Rozwarstwienie społeczne jest już faktem - bogaci i biedni rozlokowani są w ściśle wyznaczonych strefach w aglomeracji miejskiej. Zanim to wszystko rozleci się w pył, przejmiemy kontrolę nad oddziałem żołnierzy wysłanych ze specjalną misją właśnie do Tokyo.