Atlas chmur podejmuje uniwersalną i ogólnoludzką kwestię poczucia tożsamości. Zasadniczym tematem książki jest postępowanie człowieka znajdującego się w opresji, jego zmagania z wyobcowaniem, ograniczeniem i terrorem. Mitchell potwierdza swoje upodobanie do zagadek, gier literackich w stylu Nabokowa, a także do filozoficzno-naukowych spekulacji godnych Umberto Eco, Haruki Murakamiego i Philipa K. Dicka.